Hagans banbrytande teorier och modeller som förklarar orsakerna till och motiven bakom folkmord har rönt stor uppmärksamhet. Hans fältstudier visade att antalet mord under inbördeskriget i Darfur i Sudan har underskattats avsevärt.

Förfinade studier av folkmord

Hagan har utvecklat teorier om folkmord och krigsförbrytelser med särskilt fokus på hur statliga institutioner, lagens urholkning och yrkesgruppers delaktighet möjliggör massvåld. I sitt empiriska arbete om våld i Darfur 2005 och på Balkan 1991–1999 framhöll han vikten av att tillämpa avancerad kriminologisk metodik för att studera folkmord. Genom att systematiskt använda brottsofferundersökningar kunde han och hans kollegor uppskatta omfattningen av mord och våldtäkter i Darfur. De visade att våldets omfattning tidigare hade kraftigt underskattats. Arbetet genomfördes i samarbete med American Bar Foundation och det amerikanska utrikesdepartementet (US State Department).

Fyra gånger fler mördade

Hagans mer avancerade demografiska metoder bevisade att det i Darfur begåtts mellan 200 000 och 400 000 mord, mer än fyra gånger fler än tidigare uppskattningar. Hagans team visade också att det fanns betydande bevis för rasistiska motiv i dödandet och våldtäkterna, men få bevis för ett strategiskt svar på upproret som de sudanesiska myndigheterna hävdade. Hagan och hans kollegors slutsatser fick stor spridning och bidrog till att förändra den allmänna förståelsen för och diskussionen om tragedin i Darfur.

Patriarkala familjestrukturer

I sina studier av ungdomsbrottslighet kopplar Hagan patriarkala familjestrukturer till könsskillnader i ungdomsbrottslighet genom att analysera hur maktförhållanden inom familjen påverkar graden av kontroll över söner och döttrar. Denna teori har varit inflytelserik inom kriminologin och har bidragit till förståelsen av hur familjestrukturer och könsroller påverkar ungdomars benägenhet till brottsligt beteende.